Die Dauerausstellung ist vor allem der Pustertaler Spätgotik gewidmet und zeigt einige Glanzstücke aus der historischen Tinkhauser Sammlung sowie Leihgaben und Schenkungen. Zu diesen Prachtstücken gehören der „Gewölbeschlussstein mit Engelsbüste“ (um 1459) von Michael Pacher, ein Tafelbild von seinem Mitarbeiter Friedrich Pacher und zahlreiche Werke von dessen Schüler Simon von Taisten. Bemerkenswert ist vor allem der „Sonnenburger-Altar“ mit Darstellungen vom Wirken und Martyrium der Heiligen Cosmas und Damian, welcher von Simon und Veit von Taisten um 1490 geschnitzt und bemalt wurde. Faszinierend sind auch die beiden Tafelbilder des Meisters von Uttenheim, die wahrscheinlich aus der Pfarrkirche von Uttenheim stammen.